理事会：负责本馆发展规划、财务预决算、重大业务、人员管理、章程拟订和修订等重大事项的决策和工作监督。
监事会：负责对本馆的财物以及理事、管理层人员履行职责的情况进行监督。
学术委员会：负责规划、指导、组织、协调、咨询、评议全馆的科研和学术行为，为馆领导进行有关全馆学术和科研事项的决策提供依据。
办公室：负责全馆的日常事务、建立健全规章制度、起草文件、收发文件，做好各部门的工作协调，督促和检查落实领导交办的各项工作情况，做好单位后勤保障等。
文物保护与研究部：负责藏品征集管理、库房管理及库房文物保护管理，文物修复，结合藏品开展学术研究；配合做好陈列布展及展览宣传和媒体报道。
陈列部：负责本馆展厅文物保护管理、陈列展览及展览的策划、引进、洽谈、组织实施及本馆展览的推出；各项陈列展览的内容设计和形式设计，参与陈列展览的制作、布展和撤展；承担馆外展览的设计和制作业务。
社会教育部：负责陈列展览的讲解及相关服务工作；开展社会教育活动，对外宣传工作。
安全管理部：负责全馆的安全保卫，消防安全管理，房屋、设施、设备的定期检查、维护、保养，建立健全本馆各项安全规章制度和防范措施。
网络信息部：主要负责本馆信息化建设的规划与管理、网络设施的建设及管理维护。
关注官方微信